13价肺炎疫苗目前有进口和国产两种。前者适用于6周龄至15月龄婴幼儿，后者则适用于6周龄至5岁（6周岁生日前）婴幼儿和儿童。因此，两种的接种程序有所不同。
进口13价肺炎疫苗免疫程序：
基础免疫接种3剂次（2、4、6月龄），每剂间隔4～8周，首剂可于6周龄接种；
12～15月龄加强免疫1剂。
国产13价肺炎疫苗免疫程序：
2～6月龄（最小满6周龄）婴儿：共接种4剂，推荐首剂在2月龄（最小满6周龄）接种，基础免疫接种3剂，每剂次间隔2个月；于12-15月龄时加强接种第4剂；推荐首剂在3月龄接种，基础免疫接种3剂，每剂次接种间隔1个月，于12-15月龄时加强接种第4剂；
（2）7～11月龄婴儿：基础免疫接种2剂，接种间隔至少2个月；于12月龄以后加强接种1剂（第3剂），与第2剂接种至少间隔2个月；
（3）12～23月龄幼儿：接种2剂，接种间隔至少2个月；
（4）2～5岁儿童：接种1剂
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